空之境界全集动画整个故事围绕昏睡了两年时间才醒来的少女两仪式展开。她在昏睡期间，曾经一度接触到了死亡的边缘，并落入“直死之魔眼”的手中。由于这只眼睛的缘故，式用刀杀死了世间所有的生物。式的同年级的同学黒桐干也，既是人形师，又是魔术师的苍崎橙子。他们也被卷入到了这一事件中，有的爱收集浮游的幽灵，有的爱建筑人之死……总之，日常与非日常的时间，被时间融合，由式的刀映射出的怪异昏暗世界，由此开始。